（任職期間：1995.08 迄今）

學位論文

1. 1994年　〈清末における中国社会とキリスト教 : 1860-1911〉，東京：東京大学大学院人文科学研究科博士論文。

專書

1. 2011年1月 　《海賊王蔡牽的世界》，新北市：稻鄉出版社。
2. 2006年10月 　《戰火浮生錄》，高雄市：高雄市立歷史博物館。（總字數85,370，個人所撰81,870）
3. 2004年11月　《嘉義市志》卷四《社會志（上）》。（編纂暨撰稿）
4. 2003年7月 　《嘉義市志》卷四《社會志（下）》。（編纂暨撰稿）
5. 2000年9月　《南台灣鄉土文化學術研討會論文集》，行政院文化建設委員會主辦、國立中正大學歷史學系承辦。（與顏尚文共同主編）

期刊論文

1. 2021年9月      〈平面廣告的動物再現（1921-37）：從符號學觀點解讀《台南新報》的廣告圖像〉，《世界歷史評論》，2021秋季號，頁219-260。 
2. 2020年6月　 〈牛的符號世界：牛肉在臺灣的廣告、消費和生產問題（1895-1937）〉，《成大歷史學報》，第58號，頁111-164。本文英譯參見The symbolic world of cattle: Issues in the advertising, consumption, and production of beef in Taiwan (1895–1937), Chinese Studies in History, Volume 54, Issue 2 (2021). 149-174.
3. 2018年12月 　〈殖民地臺灣的家犬觀念與野犬撲殺〉，《中正歷史學刊》，21期，頁31-71。
4. 2015年11月　 〈被遺忘的動物文化史：從日本之狼到臺灣百步蛇〉，《嘉義大學通識學報》，12期，頁107-137。
5. 2015年7月 　〈排灣族語Vūrun、Kamavanan的人類學論述：以伊能嘉矩為例之個案 （1900-1910）〉，《臺灣人類學刊》，13卷1期，頁21-78。（TSSCI）
6. 2012年9月 　〈臺灣一頁鳥史：與日本的鳥類往來（1896-1930s）〉，《輔大歷史學報》，29期，頁119-168。
7. 2009年3月 　〈追尋文本世界的海盜蹤跡――關於臺灣的蔡牽傳說〉，《臺灣文獻》，60卷1期，頁89-128。
8. 2007年12月 　〈論街庄公文書的解讀和研究途徑──以小梅庄為例〉，《臺灣風物》，57卷4期，頁9-38。
9. 2006年3月 　〈飆風戰海女英梟：論蔡牽媽〉，《臺灣文獻》，57卷1期，頁193-223。
10. 2005年12月　 〈小梅庄公文類纂（1920-1945）之史料學研究：形態解析〉，《臺灣史料研究》，26號，頁130-169。
11. 2002年12月 　〈日治台灣街庄的自治行政（1920〜1934）〉，《淡江人文社會學刊》，13期，頁53-95。
12. 2002年12月 　〈日治時代街庄研究與公文書資料──以小梅庄為例〉，《中央研究院民族學研究所資料彙編》，17期，頁67-109。
13. 2000年10月 　〈日治時期阿里山國立公園〉，《嘉義文獻》，29期，頁59-94。
14. 1999年3月 　〈清代嘉義地方的開發與環境變遷〉，《清史研究》，1999年1期，頁53-61。
15. 1998年12月 　〈古地圖上的嘉義地區〉，《嘉義文獻》，28期，頁30-58。
16. 1997年12月　 〈清代台灣社會史研究與嘉義地區〉，《嘉義文獻》，27期，頁3-12。
17. 1994年10月　 〈清末中國，歐米宣教師による干預訴訟問題の一側面〉，《東洋學報》，76卷1.2號，頁37-68。
18. 1993年3月　 〈教案に見る清末司法改革の社會的背景〉，《東洋學報》，74卷，3.4號，頁125-155。

專書（論文集）論文

1. 2012年6月 　〈臺灣府城商人與福建海盜：林朝英與蔡牽關係考〉，收入國立成功大學歷史學系編，《海洋古都：府城文明之形塑學術論文集》，新北：稻鄉出版社，頁173-207。
2. 2009年9月 　〈嘉慶年間福建海盜家族――蔡牽幫與朱濆幫之比較〉，收入雷家驥教授六秩華誕祝壽論文集編輯委員會，《薪火相傳：雷家驥教授六秩華誕祝壽論文集》，臺北：花木蘭文化出版社出版、國立中正大學歷史研究所發行，頁229-326。
3. 2008年7月　〈海盜與官兵的相生相剋關係（1800-1807）：蔡牽、玉德、李長庚之間互動的討論〉，收入湯熙勇主編，《中國海洋發展史論文集》，第十輯，臺北：中央研究院人文社會科學研究中心，頁467-525。
4. 2008年1月　〈蔡牽集團的婦女――兼論女海盜研究的意義〉，收入顏尚文主編，《嘉義研究─社會、文化專輯》，嘉義：國立中正大學台灣人文研究中心，頁219-270。
5. 2007年12月　〈清季海盜在臺灣的出沒――人本主義地理學空間觀點的考察〉，收入汪榮祖主編，《地方史研究集》，嘉義：國立中正大學台灣人文研究中心，頁19-82。
6. 2005年6月　〈臺灣與大陸兩岸商貿交流的地方個案：東石港（1897-1942）〉，收入賴澤涵、朱德蘭編，《歷史視野中的兩岸關係》，臺北：海峽學術出版社，頁1-52。
7. 2004年6月　〈論內地延長主義方針的同化（臣民化）政策──關於1920年的「地方自治制度」〉，收入國立嘉義大學史地學系編，「歷史、地理與變遷學術研討會論文集」，嘉義：國立嘉義大學史地學系，頁401-429。
8. 2000年9月　〈日治時代、梅山地方之發展與變遷──一個「協力者」鄉庄的形成與認同〉，收入顏尚文、李若文主編，《南台灣鄉土文化學術研討會論文集》，頁199-265。
9. 1997年12月　〈晚清教案研究的回顧與展望〉，收入中華民國史專題論文集第四屆討論會秘書處編，《中華民國史專題論文集（第四屆討論會）》，頁1485-1530。

會議論文

1. 2022年11月   〈十九世紀西方旅人遇見臺灣動物的觀看和想像〉，發表於國立中正大學歷史學系主辦，「第七屆『漢化‧胡化‧洋化』國際學術研討會」。
2. 2012年12月　〈野蠻與文明的對話――近代東亞食犬文化之比較〉，發表於香港浸會大學歷史系主辦，「第三屆『漢化‧胡化‧洋化』國際學術研討會」。
3. 2010年11月　〈林朝英與蔡牽之間――府城商人與海盜關係考〉，發表於國立成功大學主辦，「海洋古都：府城文明之形塑」台灣史國際學術研討會。
4. 2007年10月　〈海盜傳說與歷史辨正――從嘉義地區有關蔡牽的傳聞談起〉，發表於國立嘉義大學臺灣文化研究中心主辦，「第三屆嘉義研究學術研討會」。
5. 2006年12月　〈地理學空間概念的歷史運用――關於清代洋盜在臺灣的出沒〉，發表於國立中正大學臺灣人文研究中心主辦，「台灣人、時、地綜合研究學術研討會」。
6. 2006年8月　〈論海盜與官兵的共生相剋〉，發表於中央研究院人文社會科學研究中心海洋史研究專題中心主辦，「第十屆海洋史國際學術研討會」。
7. 2005年10月　〈蔡牽集團的婦女――兼論女海盜研究的意義〉，發表於嘉義縣政府主辦，「第一屆嘉義研究學術研討會――王得祿時代的嘉義」。
8. 2004年2月　〈兩岸經貿交流的地方個案：東石港（1897-1942）〉，發表於國立台灣大學東亞文明研究中心主辦，「歷史視野中的兩岸關係學術研討會」。
9. 2003年10月　〈内地延長主義方針的臣民化目標――以1920年「地方自治制」的討論為中心〉，發表於國立嘉義大學人文藝術學院主辦，「歷史、地理與變遷學術研討會」。
10. 2003年5月　〈嘉義郡小梅庄產業活動之研究〉，發表於中央研究院臺灣史研究所籌備處主辦，「臺灣社會經濟史國際學術研討會」。
11. 2001年6月　〈日治時代的小梅庄（1920-1934）──街庄行政與地方自治的個案研究〉，發表於中央研究院臺灣史研究所籌備處主辦，「國科會臺灣史專題研究計劃成果發表」研討會。
12. 2000年9月　〈日治時代、梅山地方之發展與變遷──一個「協力者」鄉庄的形成與認同〉，發表於行政院文化建設委員會主辦，「南台灣鄉土文化學術研討會」。
13. 1998年5月　〈清代嘉義地方的開發與環境變遷〉，發表於中國清史學會主辦，「第八屆中國清史學術討論會」。
14. 1997年12月　〈晚清教案研究的回顧與展望〉，發表於國史館主辦，「中華民國史專題論文集第四屆討論會」。

其他

1. 2017年12月 　〈《灣生回家》：書本、紀錄片與造假事件〉，《中正歷史學刊》，20期，頁235-247。
2. 2016年12月 　〈國中歷史科教案與課程設計〉，《中正歷史學刊》，19期，頁251-260。

研究計畫

1. 2016年8月-2019年7月　 「道德化、資源化與帝國教化──日治臺灣住民的動物觀」，科技部，計劃號：105-2410-H-194-062-MY2。
2. 2016年8月-2018年7月　「道德化、資源化與帝國教化：臺灣都會居民的動物觀感問題（1895-1945）」，科技部，計劃號：MOST105-2410-H194-062-MY2。
3. 2007年8月-2008年7月 　「清代閩浙臺地區海盜史的基礎研究（1736-1820）――名詞釋意及史料解析」，國科會，計劃號：NSC96-2411-H-194-003。
4. 2006年8月-2007年7月 　「相生相剋到回歸平衡――蔡牽集團與臺灣關係之研究」，國科會，計劃號：NSC95-2411-H-194-013。
5. 2006年5月-2006年12月 　「清代臺灣港口史上的海盜問題：乾隆、嘉慶年間的考察」，中正大學臺灣人文研究中心委託，南臺灣人時地關係整合研究計劃。
6. 2005年3月-2005年12月 　「日治時期文獻史料委託研究：館藏戰爭文獻解析」，高雄市立歷史博物館委託。
7. 2005年1月-3月 　「海洋史視野下的臺灣史研究：研究回顧與展望」，94年度第一梯次獎勵國內學人中研院人文社科中心短期訪問研究。
8. 2001年8月-2002年7月 　「嘉南地區歷史地震災害境況的重建和展示（Ⅲ）」，國科會，計劃號：NSC90-2625-Z-244-004。（協同主持人）
9. 2000年8月-2001年7月　 「嘉南地區歷史地震災害境況的重建和展示（Ⅱ）」，國科會，計劃號：NSC89-2625-Z-244-006。（共同主持人）
10. 1999年8月-2000年7月 　「日治時期、梅山地方政治社會變遷之研究」，國科會，計劃號：NSC89-2411-H-194-020。
11. 1999年7月-2000年6月 　「嘉義研究文獻書目之蒐集與整理」，嘉義市政府暨嘉義市文化基金會主辦、嘉義市政府文化局協辦。

其他計畫

1. 2014年2-6月 　「電影教室的歷史思考與創新教學」，教育部，103年度獎勵大學卓越計畫，創新教學。
2. 2013年6月-2015年5月 　「補助人文及社會科學研究圖書計畫規劃主題：文學教育與知識生產」，科技部（圖書計畫），計畫號：NSC102-2420-H194-009-2E2（共同主持人）。